سید على حسینی خامنه‌اى فرزند مرحوم حجت‌الاسلام‌والمسلمین حاج سید جواد حسینى خامنه‌اى، در فروردین‌ماه سال 1318 شمسی برابر با 1358 قمرى در مشهد مقدس چشم به دنیا گشود. او دومین پسر خانواده بود و زندگى مرحوم سید جواد خامنه‌اى هم مانند بیشتر روحانیون و مدرسان علوم دینى، بسیار ساده: «پدرم روحانى معروفى بود، اما خیلى پارسا و گوشه‌گیر [...] زندگى ما به‌سختى مى‌گذشت. من یادم هست شب‌هایى اتفاق مى‌افتاد که در منزل ما شام نبود. مادرم با زحمت براى ما شام تهیه مى‌کرد. [...] آن شام هم نان و کشمش بود.»